水蚤既可以单性生殖，也可以两性生殖。春夏季一般仅能见到雌体，这时水蚤营单性生殖，所产的卵称为“夏卵”，这种卵较小，卵壳薄，卵黄少，不需要受精，可以直接发育为成虫，而这些成虫大多是雌虫，它们会再进行孤雌生殖。在这段时间内，水蚤能够大量繁殖。
而到了秋季，由夏卵会孵化出一部分体小的雄虫，这时水蚤开始进行两性生殖，所产的卵称为“冬卵”。冬卵较夏卵大，卵壳较厚，卵黄多。受精的冬卵，又称“休眠卵”，能够渡过严寒或干燥环境，于次年春季气温较高时发育为新的雌体。
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